La Comisión Mixta es el máximo órgano de gobierno y seguimiento de las actividades de la Cátedra. En cumplimiento del Reglamento de la Cátedra de Innovación para el Comercio para conformar la Comisión Mixta:
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La Universidad de Valladolid (UVa) nombra tres representantes y, a propuesta de la Comisión Mixta, al Director Académico.
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La Junta de Castilla y León nombra un representante de la Dirección General de Comercio y Consumo dependiente de la Consejería de Industria, Comercio y Empleo.
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Sociograph Neuromarketing S.L. nombra un representante.
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Proyecta Gestión Integral de Proyectos S.L. nombra un representante.